O157顯色培養基的顯色原理是根據大腸桿菌的特異性酶而設計的，94%的大腸桿菌都具有β-葡萄糖醛酸苷酶，能與顯色培養基中的酶底物作用，形成藍綠色的菌落。而約有4%的大腸桿菌不具有β-葡萄糖醛酸苷酶，其中包括了備受關注的O157：H7大腸桿菌。因此這些大腸桿菌無法在大腸桿菌顯色培養基上顯示特征性的顏色，在顯色培養基上可能出現假陰性。但是傳統的培養基同樣不能避免假陰性的問題，如：不產氣或遲緩發酵乳糖、不耐受44.5℃的菌株在傳統培養基中也可能出現假陰性。對于這少部分的大腸桿菌可以使用其他方法進行檢測。